轉基因育種是否違背生物進化規律？我們有必要從三個角度分析這個問題。

　　第一，先回答一個更基礎的問題：人類文明的出現和發展是否應該算是自然界生物進化的一個結果？生命科學告訴我們，答案是肯定的。這個基礎答案告訴我們一個基本道理：人類行為對于大自然的“干擾”，與任何一種高等生命對于大自然的影響，本質上并無區別，有區別的是干擾的程度。

　　第二，緊跟著的一個問題是：伴隨著人類文明的出現和發展而同時發展的畜牧業和傳統育種農業，有沒有違背生物進化規律？畜牧業和傳統農業確實培養了許多在自然界不具有競爭力的動物和植物，以自然選擇標準看，它們是在“退化”；假如我們把全球動植物全部以人工培育方式處理，那確實可能將造成全球物種大退化。但事實上人類沒有這樣做，人工培育的牲畜和作物，被限制在相對獨立的飼養場和耕地上，作物的發展與自然界生物的進化大體上各行其道。

　　在前兩個問題答案的基礎上，我們只需要再考察另外兩個基礎問題：轉基因育種方式與傳統農業育種方式有沒有本質區別；轉基因作物是否有迥異于傳統作物的特殊渠道去影響大自然界的野生植物。

　　這兩個問題的答案都是否定的。轉基因育種方式與傳統農業育種方式都是在分子水平上改變作物的性狀，沒有任何本質區別；而影響大自然野生植物的渠道（所謂的“基因漂移”），兩者也沒有本質區別。

　　至于人們的另外一個擔心：一些轉基因作物中有著原本只在微生物中存在的基因（比如Bt基因，原本來自于蘇云金芽孢桿菌），它是否可能通過“基因漂移”方式“污染”自然界其他植物？不能說這種擔心是多余的，但科學家對此早有研究，歐洲科學家花了多年時間的研究給出結論：自然植物或傳統作物因轉基因作物的“基因漂移”而遭到污染、并產生可遺傳性狀的概率，遠遠小于它們因自然基因變異而產生同樣性狀的概率（自然界微生物和高等動植物之間的基因交換無處不在，只不過這種交換獲得的基因多數不表達）。

　　事實上，正是因為轉基因技術的發展，將人們以往一直忽視的、對自然植物的保護問題提上了議事日程，讓人們提高了防范農業育種技術（包括選育、雜交、誘變、及轉基因育種）影響自然植物的意識。一個經典案例是：早先由于人們的疏忽，國家一級保護植物野生稻已經瀕臨絕種，直到轉基因育種技術的出現，才提示人們發現這一危機，野生稻資源才得到了很好的保護和恢復。

　　綜上，轉基因育種技術與傳統育種技術一樣，并不違背自然界生物進化規律。