北京市農林科學院建有4個國家級檢測機構，1個國際ISTA檢測資質認定的檢測機構。

　　農業部蔬菜種子質量監督檢驗測試中心：我國第一個具有國際種子檢驗資質的實驗室，2013年3月獲得ISTA(國際種子檢驗協會)執行委員會的確認和授權，可以授權出具種子質量進出口國際檢驗證書，檢驗數據國際對等互認。使我國擁有與國際一流的種子質檢機構同等的話語權，有利于消除種子進出口質量檢驗的技術壁壘，幫助我國種企提升種子質量檢測能力，提高我國種業的國際競爭力。

　　農業部果品及苗木質量監督檢驗測試中心（北京）：農業部授權的、經過國家計量認證的、具有第三方公正地位的產品質量監督檢驗測試機構。2005年9月經農業部農產品質量安全中心批準，成為農業部無公害農產品定點檢測機構。授權檢測范圍為果品及苗木15類產品，承檢參數包括感官檢測、含水率、可溶性固形物、總酸、固酸比、還原糖等45項。

　　北京玉米種子檢測中心：是依托自主創新的玉米標準DNA指紋庫構建及其關鍵技術為核心的玉米種子真實性檢測質檢機構，2011年通過農業部考核認證，成為首個具有農業部玉米品種真實性檢測資質的專業機構，構建了已有26000多個品種全球數量最大的玉米標準DNA指紋庫，制定了《植物品種鑒定 DNA指紋方法 總則》《玉米品種鑒定技術規程 SSR標記法》等5項檢測標準。

　　北京小麥種子檢測中心：2015年3月獲得了中華人民共和國農作物種子質量檢驗機構資質，是農業部指定的小麥品種DNA指紋檢測單位。率先系統研究和創立了小麥DNA指紋檢測技術體系，使我國成為世界上第一個全面應用DNA指紋檢測小麥品種及種質資源的國家。制定了農業部行業標準《主要農作物品種真實性SSR分子標記檢測 普通小麥》，構建了我國小麥品種DNA指紋數據庫。