“十二五”期間，圍繞保障國家糧食安全、生態安全和增加農民收入等重大目標，863計劃現代農業技術領域先后啟動了“作物分子育種與品種創制”、“林果花草分子育種與品種創制”、“主要蔬菜分子育種與功能基因組研究”等3個項目。經過近五年的研究，各項目組攻克了一批分子育種關鍵技術，選育了一批高產、優質、多抗、高效的作物、蔬菜及林果花草的新種質、新品種，有力推進了我國植物育種技術的發展，帶動了相關產業創新和能力提升，部分相關成果達到世界先進水平。

　　在主要農作物分子育種方面，項目組建立并完善了水稻、小麥、玉米等主要作物的分子設計育種技術體系、表型—基因型數據管理與共享體系，完善主要農作物重要性狀表型組、基因組、蛋白質組數據庫6個；開發功能基因標記3250個，精細定位重要性狀基因/主效QTL 507個，其中有重大育種價值的基因/QTL 76個；創制優異新種質1601份，培育新品種242個，其中水稻中嘉早17、小麥中麥175等重大品種31個，累計推廣3.5億畝。獲得植物新品種權68項、專利98項，發表論文300余篇。

　　在蔬菜分子育種方面，項目組利用全基因組測序和重測序，進行了大規模功能基因SNP、InDel 標記發掘，建立了高通量標記檢測平臺，分別構建了包含 50-100萬個SNP 位點的白菜、甘藍、番茄、黃瓜、西瓜全基因組遺傳變異圖譜和包含超過1萬個以上SNP 或InDel的標記檢測系統，同時，構建了多種蔬菜的高效誘導單倍體和雙單倍體材料的技術體系。經過近4年的研究，項目組獲得白菜、甘藍等蔬菜重要性狀緊密連鎖的分子標記 204 個，定位并克隆重要功能基因23個，獲得單倍體、DH株系、異附加系、易位系、漸滲系等新材料1131份，選育優異新種質115份，選育新品種44個，新品種累計推廣超過50萬畝，獲得授權發明專利32項，發表論文215篇。

　　在林果花草分子育種方面，項目組以林木、果樹、花卉、草等四大類20余種植物為對象，建立了林果花草多基因聚合育種、分子設計育種、分子標記輔助選擇育種等技術平臺。項目組開發重要性狀分子標記597個，構建高密度遺傳連鎖圖譜3個，定位重要性狀相關QTL 72個，分離了重要農藝性狀基因419個，創制育種新材料896份，獲得植物新品種權97項，發表SCI論文159篇，出版專著2部，獲得授權專利83項，獲國家科技進步二等獎1項。

　　“作物分子育種與品種創制”、“主要蔬菜分子育種與功能基因組研究”和“林果花草分子育種與品種創制”3個項目全面完成了立項任務書規定的各項任務指標，研究成果有力推動了我國植物育種的發展，帶動了相關產業創新和能力提升，于2016年6月21日，順利通過科技部863計劃現代農業技術領域的技術驗收。